Matheus Cunha já havia notificado o Flamengo no meio do ano passado sobre um pré-contrato assinado com o Cruzeiro. O acordo do goleiro com o Rubro-Negro encerrou-se no fim de 2025, abrindo caminho para seu anúncio oficial pelo clube mineiro.
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A transferência foi avalizada à época pelo então técnico Leonardo Jardim, que deixou o Cruzeiro ao término da última temporada.
Cunha começou sua trajetória no futebol na base do São Paulo. Porém, ainda em formação, transferiu-se ao Sub-20 do Flamengo.
Com Jorge Sampaoli no comando, o goleiro chegou a ser titular do Rubro-Negro e despertou o interesse do Nottingham Forest, da Inglaterra. A proposta, avaliada em cerca de 10 milhões de euros (R$ 53,6 milhões, na cotação da época), foi recusada pelo Flamengo.
Com a camisa do time carioca, Matheus Cunha entrou em campo em 55 jogos. Sua melhor temporada foi em 2023, onde foi acionado em 36 oportunidades.
No Cruzeiro, ele chega inicialmente para ser reserva do experiente goleiro Cássio, de 38 anos.
