Nainggolan, de 36 anos, saiu da aposentadoria na semana passada para se juntar ao Lokeren-Temse, time da segunda divisão belga.
Com 30 partidas e seis gols pela seleção, o meia tem passagem pelo Cagliari, Inter de Milão e Roma.
"A investigação diz respeito a supostos fatos de importação de cocaína da América do Sul para a Europa, através do porto de Antuérpia, e sua redistribuição na Bélgica", informou o Ministério Público de Bruxelas em um comunicado.
Antes de ser preso, Nainggolan marcou o gol de sua nova equipe no empate em casa contra o K. Lierse por 1 a 1.
Quando ainda estava no Royal Antwerp, em 2023, o controverso jogador foi suspenso por fumar um cigarro eletrônico no banco de reservas.