Na disputa decisiva, o Bragantino levou a melhor por 4 a 2. O goleiro Fábio Rampi isolou a primeira cobrança do São José, e Cleiton defendeu o chute de Danielzinho. O próprio Cleiton converteu o último pênalti do Massa Bruta.
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O time de Fernando Seabra repetiu o drama da 1ª fase, quando precisou das penalidades para eliminar o Sousa-PB. O Braga terá quase três semanas sem jogos até a estreia no Brasileirão, contra o Ceará, em 31 de março.
O Massa Bruta vai embolsar R$ 2.315.250 pela classificação. Um sorteio vai definir o adversário na 3ª fase da Copa do Brasil, que terá jogos de ida e volta. O início está previsto para o fim de abril.

Empate no tempo normal
Jhon Jhon marcou logo aos seis minutos de jogo, mas o Bragantino deixou muito a desejar no tempo normal. Apesar do controle da posse de bola, o time abusou dos cruzamentos e criou poucas chances claras.
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O São José resistiu no resto do primeiro tempo e fez um gol quase sem querer na volta do intervalo. Em um raro contragolpe do Zequinha, Nacho Laquintana tentou afastar o perigo na área, mas a bola bateu em Lailson e entrou.