James White, 33 anos, foi acusado no domingo de exibir escritos ameaçadores ou abusivos que podem causar assédio, alarme ou angústia, segundo a polícia, depois que ele usou uma camisa do United com as palavras "Not Enough" (Não é suficiente) e o número 97 na parte de trás.
O United foi derrotado por 2 a 1 pelo rival local Manchester City na final de sábado em Wembley.
A Polícia Metropolitana disse que White foi preso "depois de ser visto usando uma camisa que parecia se referir em termos ofensivos àqueles que morreram na tragédia de Hillsborough".
Ele foi liberado sob fiança para comparecer à Corte de Magistrados de Willesden, em Londres, no dia 19 de junho.
Em um comunicado, a Federação Inglesa de Futebol afirmou: "A FA condena veementemente as ações do indivíduo que usou uma camiseta fazendo referência ao desastre de Hillsborough antes da final da Copa da Inglaterra no Estádio de Wembley."
"Vimos uma foto da camisa ofensiva nas mídias sociais e imediatamente começamos a trabalhar para identificar o autor do crime.
"Nossa equipe de segurança conseguiu localizar rapidamente o indivíduo com base na imagem e agradecemos a ação rápida que foi tomada pela polícia."
Sobre a tragédia
O desastre que esmagou os torcedores do Liverpool na semifinal da Copa da Inglaterra entre Liverpool e Nottingham Forest no Estádio de Hillsborough, em Sheffield, em 1989, é um dos dias mais sombrios do futebol inglês.
Em 2016, um júri de inquérito determinou que as vítimas foram mortas ilegalmente em meio a uma série de erros de policiamento. A Premier League prometeu reprimir a cultura de "cantos de tragédia" nesta temporada após um confronto entre o United e o Leeds.
A vitória do United por 2 a 0 em Elland Road, em fevereiro, foi prejudicada pela troca de cantos entre os torcedores sobre o desastre aéreo de Munique, que matou oito jogadores do United em 1958, e a morte de dois torcedores do Leeds em Istambul, em 2000.