Nesta fase da Copa do Brasil, entram na competição os oito participantes brasileiros da Libertadores, os campeões da Série B e da Copa Verde, o vice-campeão da Copa do Nordeste e o nono colocado da Série A do ano anterior.
São eles: Athletico-PR, Atlético-MG, Corinthians, Flamengo, Fluminense, Fortaleza, Internacional, Palmeiras, Cruzeiro, Sport, Paysandu e São Paulo.
As partidas da terceira fase estão marcadas para as semanas de 12 e 26 de abril. Os jogos de ida acontecerão dias antes do começo do Brasileirão.
Confira abaixo os confrontos (clubes à direita fazendo o segundo jogo em casa):
Botafogo-SP x Santos
Nova Iguaçu-RJ x América-MG
Coritiba x Sport
Náutico-PE x Cruzeiro
Atlético Mineiro x Brasil de Pelotas-RS
Volta Redonda x Bahia
Ypiranga-RS x Botafogo
ABC-RN x Grêmio
Maringá-PR x Flamengo
São Paulo x Ituano-SP
Fluminense x Paysandu-PA
Remo-PA x Corinthians
Internacional x CSA-AL
Fortaleza x Águia de Marabá-PA
CRB-AL x Athletico Paranaense
Palmeiras x Tombense-MG