Em partidas eliminatórias, o Verdão também leva vantagem, com 5 triunfos e 3 quedas.
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No entanto, em duelos de mata-mata decididos em partida única, o histórico é de uma vitória para cada. E na única oportunidade em que Botafogo e Palmeiras decidiram uma vaga nas penalidades – pela semifinal da Copa do Brasil 1999 –, o Botafogo saiu vencedor.

O primeiro duelo de mata-mata entre ambos foi na final do Brasileirão de 1972. Em jogo único disputado no Morumbi, o empate por 0 a 0 deu o título ao Palmeiras, que chegou à decisão com melhor campanha.
O embate mais recente foi pelas oitavas da Libertadores de 2024. O Glorioso eliminou o rival por 4 a 3 no agregado em sua campanha do título continental inédito.
O Botafogo foi o primeiro time grande do Rio de Janeiro a enfrentar o Palmeiras. A primeira partida foi um amistoso em 1922, vencido pelos paulistas por 1 a 0.
Retrospecto geral de Palmeiras e Botafogo
Jogos: 130
Vitórias do Palmeiras: 51
Empates: 40
Vitórias do Botafogo: 39
Gols do Palmeiras: 193
Gols do Botafogo: 164

Retrospecto de Botafogo x Palmeiras em mata-matas
• Final do Campeonato Brasileiro 1972: Palmeiras 0 x 0 Botafogo (jogo único – Palmeiras vencedor pela melhor campanha)
• Jogo desempate 1ª fase da Libertadores 1973: Botafogo 2 x 1 Palmeiras (jogo único)
• Quartas de final do Rio-São Paulo 1997: Palmeiras 4x3 Botafogo (agregado)
• Oitavas de final da Copa do Brasil 1998: Palmeiras 2x2 Botafogo (agregado – Palmeiras vencedor pelo critério do gol fora)
• Semifinal da Copa do Brasil 1999: Botafogo 2x2 Palmeiras (agregado – Botafogo vencedor nos pênaltis por 4 a 2)
• Semifinal do Rio-São Paulo 2000: Palmeiras 3x1 Botafogo (agregado)
• 2ª fase da Sul-Americana 2012: Palmeiras 3x3 Botafogo (agregado – Palmeiras vencedor pelo critério do gol fora)
• Oitavas da Libertadores 2024: Botafogo 4x3 Palmeiras (agregado)
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