De Ligt, de 23 anos, que já disputou 41 partidas pela seleção holandesa, sofreu a lesão no treinamento de sábado e foi substituído por Daley Blind, seu companheiro de equipe no Bayern de Munique.
A Holanda é a anfitriã do torneio e enfrenta a Croácia na primeira semifinal em Roterdã, na quarta-feira.
A Itália e a Espanha se enfrentam em Enschede na quinta-feira, e os vencedores vão para a final de domingo.