O clube londrino, que venceu a Copa da Ingalterra na última temporada, descumpriu as regras da UEFA que não permitem que clubes controlados pelo mesmo dono participem de seus torneios.
O órgão regulador do futebol europeu entendeu que o empresário americano John Textor detinha controle ou influência tanto sobre o Palace quanto sobre o francês Lyon.
Isso significa que, de acordo com as regras da UEFA, eles não podem competir na mesma competição. O Lyon manteve a vaga na Liga Europa em virtude de sua posição mais alta na liga doméstica, enquanto time inglês foi excluído.
O Palace recorreu ao CAS no mês passado depois que Textor concordou em vender sua participação de 43% no clube da Premier League para o proprietário do New York Jets, Woody Johnson.
No entanto, esse acordo foi fechado bem depois do prazo da UEFA de 1º de março para que os conflitos de múltiplos clubes fossem resolvidos.
"Após considerar as evidências, o Painel constatou que John Textor, fundador da Eagle Football Holdings, tinha ações no CPFC e no Lyon e era membro do Conselho com influência decisiva sobre ambos os clubes na data de avaliação da UEFA", disse o CAS em um comunicado.
"O Painel considerou que os Regulamentos da UEFA são claros e não oferecem flexibilidade aos clubes que não estão em conformidade na data de avaliação, como alegou o CPFC."
O Palace, que venceu o Liverpool nos pênaltis para ganhar o Community Shield após um empate em 2 a 2 em Wembley no domingo, entrará na Liga Conferência da UEFA na fase de play-off no final deste mês.
O Nottingham Forest, que terminou em sétimo lugar na Premier League, vai substituir o Palace na segunda principal competição europeia, a Liga Europa.