As jogadoras entraram em greve no início do mês, antes dos dois primeiros jogos da temporada, depois de não chegarem a um acordo com a liga sobre melhores condições e salários.
"O compromisso e os esforços repetidos dos clubes durante o processo de negociação deram uma contribuição fundamental para alcançar o cenário de paz tão necessário sem perder de vista a sustentabilidade da competição", disse a FPF em um comunicado.
"Um cenário que esperamos que mostre o caminho para o resto das instituições que fazem parte do esporte espanhol e permita que o projeto do futebol profissional feminino avance."
A FPF é o órgão organizador da principal liga de futebol feminino da Espanha.
A greve não foi relacionada ao furor sobre Luis Rubiales, que renunciou esta semana ao cargo de presidente da Federação Espanhola de Futebol em meio à condenação generalizada de seu beijo nos lábios da jogadora espanhola Jenni Hermoso na cerimônia de entrega de medalhas após a vitória da seleção nacional na Copa do Mundo no mês passado.
Toda a equipe vencedora da Copa do Mundo e outras importantes jogadoras de futebol da Espanha disseram que boicotarão a equipe nacional feminina enquanto a atual liderança da federação permanecer no cargo.
As partes assinaram um acordo para as próximas três temporadas, garantindo um salário mínimo de 21.000 euros (US$ 22.550) para a temporada atual, com a possibilidade de aumentar para 23.000 euros, dependendo do crescimento da receita comercial.
O salário mínimo para a próxima temporada será de 22.500 euros, com possibilidade de aumento para 25.000 euros, e o salário mínimo para a última temporada coberta pelo acordo foi fixado em 23.500 euros, com possibilidade de aumento para 28.000 euros.