Rune, que era o 4º cabeça de chave no torneio, havia avançado para as oitavas de final depois de vencer o espanhol Roberto Carballes Baeno por 7-6 e 6-3.
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No duelo seguinte contra o estadunidense Brandon Nakashima, Rune entrou em quadra, mas não conseguiu jogar. Nakashima rapidamente abriu uma vantagem de 3 a 0, antes que o dinamarquês abandonasse a partida.
"Tive uma intoxicação alimentar e não pude jogar hoje. Um dos meus lugares favoritos é o México e eu adoro esse torneio. Absolutamente não era assim que eu queria que terminasse", explicou Rune no Twitter.
"Furioso e muito triste ao mesmo tempo", acrescentou.
Casper Ruud e Tommy Paul também foram forçados a se retirar do torneio mexicano em circunstâncias semelhantes.
Fase complicada
Rune caiu na primeira rodada do ATP 250 em Buenos Aires para Mariano Navone, e depois revelou que pegou um vírus no torneio anterior, em Roterdã, e jogou com febre na Argentina.
"Olhando para trás, acho que era muito cedo para jogar depois da gripe que tive na semana passada. Meu ombro não estava funcionando e todo o corpo parecia extremamente vulnerável", escreveu ele logo após o torneio argentino.
Rune agora tentará se recuperar antes do ATP 1000 em Indian Wells, em março.