O alemão Nico Hülkenberg (Haas-Ferrari) conseguiu uma surpreendente segunda posição e o espanhol Fernando Alonso (Aston Martin) foi o terceiro.
Verstappen, vencedor das últimas três provas da temporada, segue mostrando sua superioridade e chegou à quinta pole position em oito possíveis até aqui.
O holandês também terá uma oportunidade na corrida de domingo de ampliar sua vantagem no campeonato de pilotos sobre seu companheiro de Red Bull, o mexicano Sergio Pérez, que ficou fora do Q3 do treino de classificação e vai largar na 12ª posição.
"Fizemos mudanças depois de um dia complicado ontem. A pista estava completamente molhada, mas senti o carro melhor para pilotar", declarou Verstappen
"Tomamos as decisões corretas, então estou muito feliz por estar na pole", acrescentou o holandês.
Beneficiado pela chuva, Hülkenberg conseguiu a segunda posição no grid.
"Foi um treino louco e em condições que variavam. Obviamente isso aconteceu de forma inesperada, mas estou muito feliz e muito orgulhoso", afirmou o piloto alemão.
Por sua vez, Alonso voltou a mostrar bom desempenho e conseguiu um resultado que lhe permitirá lutar por seu quinto pódio na temporada.
"Estamos na terceira posição e está tudo bem", ressaltou o espanhol. "Os torcedores aqui são incríveis e a cidade abraça este Grande Prêmio, espero que todos tenham aproveitado. Se pressionarmos, teremos uma chance amanhã".
Os britânicos Lewis Hamilton e George Russell, da Mercedes, sairão da quarta e quinta posições, respectivamente.
No domingo, espera-se que o tempo em Montreal seja ensolarado e que os pilotos possam correr em pista seca. A corrida começa às 15h (horário de Brasília).