Stones disputou 293 partidas pelo City até aqui, sendo um dos pilares da conquista da tríplica coroa de 2023.
Ao todo, ele ajudou o clube a conquistar seis títulos da Premier League, uma Liga dos Campeões, duas Copas da Inglaterra, cinco Copas da Liga e um Mundial de Clubes.
O último jogo de Stones com a camisa do City será contra o Aston Villa no Etihad.
"John Stones deixará o Manchester City no verão, pondo fim a uma estadia memorável e extremamente bem-sucedida de 10 anos no Etihad. Tendo se juntado ao City em 2016, quando o zagueiro central inglês se tornou a segunda contratação de Guardiola", disse o clube em nota.
"A enorme contribuição do jogador de 31 anos durante a era mais duradoura e bem-sucedida da história do clube é inquestionável", acrescentou.
O jogador da seleção inglesa tem sido associado a um retorno ao Everton enquanto avalia suas opções antes da janela de transferências. Stones se junta a Bernardo Silva, que também deixará o clube no meio do ano.