Henrique chegou à base vascaína em 1996 e teve duas passagens pelo time profissional do clube: a primeira entre 1998 e 2001, e a segunda entre 2003 e 2004.
Durante o período mais vitorioso do clube na era moderna, o defensor fez parte das campanhas dos títulos da Copa Libertadores (1998), do Campeonato Brasileiro (2000) e da Copa Mercosul (2000).
Além das conquistas continentais e nacionais, o ex-zagueiro salvou o time do rebaixamento no Brasileiro de 2004. Na penúltima rodada do torneio, o Vasco necessitava de um triunfo contra o então líder Atlético-PR (atual Athletico-PR) para afastar o risco de queda para a Série B.
Henrique marcou de cabeça o gol da vitória por 1 a 0, resultado que garantiu a permanência antecipada do clube na divisão de elite antes da rodada final da competição.