O bicampeão mundial Verstappen sofreu uma penalidade de cinco pontos por uma troca de caixa de câmbio em sua Red Bull, o que o rebaixou para a sexta posição na corrida de domingo.
O companheiro de equipe de Verstappen, Sergio Perez, largará ao lado de Leclerc na primeira fila para a 12ª corrida da temporada de Fórmula 1.
Verstappen, que lidera o campeonato com 110 pontos, venceu em Spa-Francorchamps no ano passado, largando em 14º no grid.
"No ano passado, tivemos muitas penalidades e mesmo assim eu venci a corrida, então esse será o objetivo novamente", disse o piloto holandês nascido na Bélgica.
Leclerc, oito décimos de segundo mais lento que Verstappen, disse: "Não foi uma classificação ruim para nós, especialmente nessas condições. Vamos ver como vai ser."
Lewis Hamilton, da Mercedes, e Carlos Sainz, na outra Ferrari, ocupam a segunda fila, à frente da dupla da McLaren, Oscar Piastri e Lando Norris.
O sábado apresenta a terceira corrida de velocidade da temporada de F1, depois do Azerbaijão e da Áustria, com a qualificação para a corrida autônoma programada para a manhã de sábado no majestoso circuito das Ardenas.
A penalidade de Verstappen não se aplica ao sprint.
O astro da Red Bull teve a sorte de entrar na terceira sessão de qualificação com uma volta tardia para chegar em 10º na Q2 e admitiu que lutou contra as condições de secagem durante toda a sessão.
"Foi muito apertado. As condições estavam realmente complicadas e na minha última volta no Q2 eu não tinha confiança para acelerar, mas no Q3 tínhamos dois jogos de pneus, então tivemos mais chance de acelerar", relatou.
Verstappen tentará conquistar sua oitava vitória consecutiva este ano.
Leclerc e Pérez expressaram certo alívio por terem sobrevivido à sessão com sucesso, após sugestões anteriores de que era possível que a qualificação fosse cancelada se o clima tornasse perigosa a corrida na pista.
Depois de uma sessão de treinos com chuva no início do dia, a classificação foi realizada em condições melhores depois de uma largada atrasada.
As condições continuaram inconsistentes e traiçoeiras em parte, e não foi nenhuma surpresa quando Esteban Ocon bateu nas barreiras na curva 9 na Q2, quebrando parte da asa dianteira de sua Alpine, enquanto os tempos caíam.
Hamilton, George Russell, Norris, Yuki Tsunoda, da Alpha Tauri, e Piastri, todos ficaram no topo dos tempos nos minutos finais frenéticos, enquanto Verstappen foi empurrado para 11º, recuperando-se para terminar em 10º e passar para a disputa.
Tsunoda terminou em 11º e ficou de fora, junto com Pierre Gasly, da Alpine, Kevin Magnussen, da Haas, Bottas, da Alfa Romeo, e Ocon.
Depois de limpar os detritos da asa quebrada de Ocon, a disputa entre os dez primeiros começou com Fernando Alonso liderando um comboio de 10 carros com pares de carros das cinco principais equipes.
Em suas primeiras voltas, Leclerc estava na liderança, à frente de Verstappen, com Sainz em terceiro na segunda Ferrari e as duas McLarens. Hamilton e Russell fizeram voltas adicionais para melhorar para sexto e nono.
Leclerc estabeleceu o ritmo com uma volta rápida em 1:46.988, deixando Sainz e Piastri em segundo e terceiro inicialmente, antes de Verstappen chegar ao topo em 1:46.168, por oito décimos - uma volta impressionante.